I Bergianska trädgården står en gammal ek som utsetts till Stockholms Biodiverse-ek. Södertörnsekologerna , ett samarbete mellan kommunerna på Södertörn där Stockholm ingår, drev ett projekt kring jätteekar år 2010. En grov ek valdes ut i var och en av de nio kommunerna och experter undersökte vilka lavar, mossor, svampar och småkryp som kunde hittas på trädet.
Stockholms Biodiverse-ek, som står i norra delen av Bergianska trädgården, växer öppet och solexponerat, har god vitalitet och en frisk krona. Ekens omkrets är 470 cm och i stammen finns en stor hålighet med mulm (det nedbrutna material som ansamlas inuti ihåliga träd). En mindre öppning finns nere vid marken och en större öppning ca 5 m upp där kronan börjar. I parken finns även några andra gamla ekar.
På trädet påträffades 11 olika arter av mossor, 5 av svampar och 22 av lavar. En rödlistad art, oxtungsvamp hittades. På trädet fanns också rikligt med stadskantlav, som tål luftföroreningar bra. För att vara inne i en storstad var mossfloran rik med hårhättemossa som den mest sällsynta arten.
Dessutom hittades 46 arter insekter och ett spindeldjur (rutklokrypare). Flera skyddsvärda arter av skalbaggar påträffades, bland annat kardinalfärgad rödrock och gulbent kamklobagge, smalknäppare samt brun guldbagge. Brun guldbagge hör till de arter som prioriteras i Stockholms handlingsplan för biologisk mångfald, eftersom arten indikerar rika ekmiljöer med höga naturvärden.
På västra Kungsholmen, nära Essingeledens trafikplats Kristinebergsmotet, står jätteeken Birger Jarls Ek. Till största delen utgör den en trädruin, men sådana har ändå ett stort värde för många andra arter. Exempelvis har den skyddsvärda svampen oxtungsvamp hittats vid eken.
Trädet har ännu en levande gren kvar, men barken är idag till största delen avskalad och på 1950-talet fylldes den ihåliga stammen med betong. Stamdiametern är 202 cm.
Åldern är svår att uppskatta, men sannolikt över 400 år. Enligt legenden är eken lika gammal som Stockholm, och är därför uppkallad efter stadens grundare Birger Jarl. Alldeles intill stammen står en betydligt yngre "dotter-ek" som är frisk.
Fiskartorpseken eller Karl XI:s ek växer strax norr om Husarviken intill Karl XI:s fiskarstuga. Eken började växa på platsen ungefär samtidigt som stugan byggdes och har delvis växt in i fasaden. Idag är den omkring 335 år gammal.
Den närbelägna Lyells ek blev 1835 tillsammans Fiskartorpseken ett viktigt landmärke för den skotske geologen Charles Lyell i samband med beräkningar av den så kallade vattuminskningen, numera kallad den postglaciala landhöjningen.
Trädet är förtecknat som naturminne nr 675 i Sernanders ”Stockholmstraktens natur- och kulturminnen” från 1935. Jätteeken har inte förklarats som naturminne enligt miljöbalken. Trädet står inom Nationalstadsparken och har därmed ett särskilt skydd i miljöbalken.
Lyells ek är en jätteek på Norra Djurgården stax norr om Husarviken som fått sitt namn efter den skotske geologen Charles Lyell. Genom att bestämma åldern på eken tillsammans med den närbelägna Fiskartorpseken försökte Lyell beräkna den så kallade vattuminskningen, det man numera kallar den postglaciala landhöjningen.
Trädet är förtecknat som naturminne nr 678 i Rutger Sernanders ”Stockholmstraktens natur- och kulturminnen” från 1935. Jätteeken har inte förklarats som naturminne enligt miljöbalken. Eken står inom Nationalstadsparken och har därmed ett särskilt skydd i miljöbalken.
Prins Eugens ek växer i parken norr om Prins Eugens Waldemarsudde på Södra Djurgården och har fått sitt namn efter Prins Eugen. Den flerhundraåriga eken anses vara den största levande eken på Djurgården och ett av de äldsta träden i Stockholms stad.
Trädet är förtecknat som naturminne nr 633 i Sernanders ”Stockholmstraktens natur- och kulturminnen” från 1935. Jätteeken är idag inte formellt lagskyddad som naturminne enligt miljöbalken, och inga nya planer finns för detta. Trädet står dock inom Nationalstadsparken och har därmed ett särskilt skydd i miljöbalken.
